尽管开发版印刷水墨要付出巨大的劳动，但是在保持印刷水墨的印刷质量时(如同溶剂型油墨的印刷质量一样)，完全减少水墨在凹版印刷中VOC的排放仍然是个艰难的挑战。
在保持如同溶剂型油墨相同印刷质量的基础上，一个好的水性凹版印刷油墨必须达到VOC的零排放;必须具有很好的印刷适性;能够在各类承印物材料的表面上印刷;同时也希望这种版印刷水墨的成本比较低。
采用水性凹版印刷油墨会产生诸如改变凹版印刷辊筒的雕刻、改变印刷机的操作、印刷机的保养、干燥器的更换等问题。同样，承印物材料也会强烈影响水墨的印刷效果，特别对低表面张力的承印物如塑料薄膜材料和涂布纸表面的印刷。而对于非涂布纸，水墨甚至可能导致纸张的变形和卷曲，这些问题对于溶剂型凹版印刷油墨是不存在的。
比较水基和溶剂基的凹版印刷油墨，在刮墨刀从凹版的印刷墨孔中刮去多余的油墨过程中，采用溶剂型油墨印刷的凹版印刷过程要尽可能减少溶剂的挥发，在压印过程完成后，油墨被转移到承印物材料上，然后慢慢形成墨膜，在这个过程中油墨中的溶剂必须在墨膜粘连以前就完成挥发过程，迅速达到墨膜的干燥。在水基墨中，有机溶剂被一定百分比的水、助溶剂和带有挥发性的胺代替，这种挥发性胺是为了中和酸性的树脂所必需的。由于水挥发性较慢，因此不存在水墨在印版着墨孔中挥发干燥的问题，但是存在印刷后干燥的问题，因此对于水墨中胺类的选择、对于PH值的调整与对于油墨黏度的控制一样重要。因为在压印过程完成前胺类溶剂的过早释放会导致PH值的下降，造成树脂在凹版印刷辊筒着墨孔中干燥。此外，水和助溶剂系统是无法将树脂重新溶解的，这一点与溶剂型油墨不同。因此任何PH值下降的可能，重新溶解是不可能的。在凹版印刷中要非常小心地控制PH值，因为水墨PH值的下降导致着墨孔被慢慢堵塞直到完全堵死，这是个非常严重的问题，将导致印刷作业无法继续进行。
同时水墨的表面张力也是个不可回避的因素，这一点也是完全不同于溶剂型油墨。与溶剂型油墨相比，水墨的表面张力要高许多;而太高的表面张力将导致水墨无法很好地润湿承印物材料表面及凹版印刷辊筒着墨孔，这将造成印刷墨膜的不均匀;由于水墨表面张力大，墨膜会在承印物表面形成收缩的状态，造成墨膜呈现明显的网状，也会导致水墨无法均匀地从着墨孔中转印到承印物表面。