西医病因：
肛门直肠周围脓肿的病因是由于肛门腺感染所致，临床上99%的肛周脓肿的发生与肛门腺感染、化脓有密切关系，也有因肛裂感染，细菌从裂缝处浸入皮下而形成脓肿的，少数是由肛门旁毛囊感染、粉瘤或外伤的失治、误治而形成的。具体如下：
1.感染性因素
现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
2.医源性因素
临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。如因操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿;直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿;乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
3.手术后因素
临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
4.其他
直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。
中医病因：
本病凡属实证者，多因饮食不节，过食厚昧辛辣，引起湿热内生，热毒结聚而致，或因肌肤损伤，感染毒邪，瘀血凝滞，经络阻塞，血败肉腐而成。凡属虚证者，多因肺、脾、肾脏亏损，湿热下注肛门所致。
中医病机：
肛痈是因过食肥甘、辛辣，湿热下注，或湿痰凝结，邪毒留阻于肛管直肠周围，气血瘀滞，热毒化腐成脓，形成痈肿。