肛周脓肿的危害，少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
（一）单纯性脓肿的治疗：
可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用凡士林纱条放入脓腔做引流。
（二）脓腔与肛瘘相通的脓肿：
可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治愈，不再形成肛瘘。但在急性炎症中，找内口有困难时，不应盲目寻找，以免炎症蔓延或形成假道，仅做切开排脓，待形成肛瘘后，再做肛瘘手术。二期手术优点是效果准确，治愈率高。
根治肛周脓肿的方法，有防止提肛肌上、下的肌间脓肿横穿肛门内括约肌向各方蔓延，以免形成各种不同类型脓肿和瘘管的作用。值得提出的是：脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、选择切口有着同等意义，这是根治术过程中的一个非常重要的环节，不容忽视。
专家提醒：肛门脓肿一旦形成，应立即早期切开，减低局部张力，以阻断其扩散和向四周的蔓延；在脓肿清创时，应切除病变的肛隐窝，尽可能寻找内口所在；不论何种肛周脓肿，均应予以一次性根治，不留肛瘘等症；对于不同类型肛周脓肿，宜选择不同切口，以保证根治术的彻底成功。
在脓肿切口位置选择准确后，治疗肛周脓肿的处理原则是：切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。术中选择1点、11点切口，此部位脓肿多见于皮下和括约肌间隙脓肿，切开后搔刮时应注意性别之分：
根治肛周脓肿的方法，女性禁忌将肛门前方的肛门外括约肌皮下部切断，以防止肛门功能障碍；男性切开脓肿后往往有暗腔向阴茎部延伸，搔刮时应避免损伤尿道部及邻近组织。
另外，探查相应的肛窦，若探针容易进入脓肿，为原发性脓肿，可延探针切断肛门内括约肌，以利于肌间脓肿向直肠内的引流。最后将切口向下延长，将皮下外括约肌一并切断，使引流通畅。