1、导致胆管损伤：胆管损伤的并发症是胆道外科非常疑难的课题，而胆管损伤的病例中绝大多数是由胆囊切除引起的。与内镜保胆取石手术相比，内镜保胆取石是在胆囊腔内施行手术，根本不可能伤及胆囊周围器官;而胆囊切除手术是直接切除胆囊，在腹腔内实行手术，这一点是胆囊切除的最大缺陷。
2、造成人体消化不良、腹胀腹泻：如果胆囊被切除，肝胆汁由肝内排出无处可存，只能持续不断的排入肠道;人体进食时，需大量胆汁帮助消化，但此时体内无“富余胆汁”相助，从而影响食物的消化和吸收，特别是影响对脂肪的消化吸收，其结果一是诱发脂肪泻及脂溶性维生素的缺乏等，二是造成身体遭受消化不良、腹胀腹泻的痛苦。
3、引发碱性反流性胃炎：正常人进食后胆囊收缩使胆汁集中大量进入肠道。这一过程与胃十二指肠的分泌及蠕动是有规律地同步进行的。胆囊切除后胆汁持续进入肠道而又缺乏食物和胃酸的中和，胆汁可在十二指肠内淤积而逆流入胃，使胃内PH值升高，细菌繁殖，而使胃粘膜充血、水肿、脆性增加，胃腺体萎缩及溃疡形成。
4、肝损害和结肠损害：目前己证实石胆酸对肝细胞具有一定毒性。而胆囊切除后次级胆酸增多，所产生的石胆酸经肝肠循环进入肝脏和结肠以后，会造成慢性肝损害和结肠损害，而结肠损害很可能是结肠癌的一个原因。
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