中国医改究竟由谁来主导？一直进行着激烈的争论，随着国家医改方案正式确定日期的日益临近，尤其是随着全国“两会”的召开，这种争论日趋升温。目前在理论上进行激烈争取的主要有以下三种观点：
观点之一：主张政府主导而反对市场主导
持该观点的人认为，只有政府主导才能实现医疗卫生的公平性和公益性，才能体现政府的责任；而如果由市场主导，必然会出现诸多难以解决的“天然矛盾”。这些矛盾主要表现在：第一，医疗卫生服务的公共品性质与市场化服务方式之间的矛盾。与一般消费品不同，大部分的医疗卫生服务具有公共品或准公共品性质。具有公共品性质的服务是营利性市场主体干不了、干不好或不愿干的。因此，必须而且只能由政府来发挥主导作用。
第二，医疗卫生服务的公益性与市场化服务方式之间的矛盾。医疗卫生服务要求医疗卫生服务机构向百姓提供质优价廉的医疗卫生服务，而如果采用市场化的服务方式，医疗卫生服务机构为了追求经济利益，会利用医患信息不对称，为患者提供过度的服务，甚至不惜损害患者的健康。而只有政府主导，医疗卫生服务机构的业务经费和人员工资等全由政府提供，而业务收入全部上缴，那么这一矛盾就不复存在。
第三，医疗卫生服务可及性与市场化服务方式之间的矛盾。医疗卫生的普遍服务性质，决定了它必须能够及时满足每一位患者的需要，因此，医疗卫生服务体系本身必须是多层次的、布局合理的。市场化的服务方式不仅无法自发地实现这一目标，而且必然导致医疗服务资源在层次布局上向高端服务集中，在地域布局上向高购买力地区集中，从而使医疗卫生服务的可及性大大降低。
第四，医疗卫生服务的宏观目标与市场化服务方式之间的矛盾。医疗卫生事业发展的合理目标应当是以尽可能低的医疗卫生投入实现尽可能好的全民健康结果，比如通过卫生防疫等有效的控制，让老百姓不生病、少生病。而在市场化的服务体制下，医疗机构为了追求自身经济效益，就必然出现轻预防而重治疗，轻适宜技术而重高新技术的倾向。
持这一观点的人还以中国计划经济体制下的公费医疗、劳保医疗和农村合作医疗所取得的成绩和近年来医疗卫生市场化服务给百姓带来的看病难、看病贵，以及国外也有不少国家的医疗卫生采用政府主导模式的事实，来说明主张政府主导而反对市场主导观点的正确性。
由于上述理由，持该观点的人对类似宿迁的医疗机构产权制度改革持反对态度。
观点之二：主张市场主导而反对政府主导
持该观点的人认为，政府的责任并不是非要去亲自包办医疗卫生服务机构，其主要责任是出资、筹资和行业监管；实现医疗卫生的公平性和可及性,关键在于筹资方式,而不是组织方式，组织方式更应强调竞争性；医疗卫生服务不仅要注重公平，同样不能忽略效率。持该观点的具体理由是：
第一，医改如由市场主导，只要采取适当措施，持反对市场主导观点的人所担心的许多“天然矛盾”就会迎刃而解。比如：
1、如果将除极少数类似“非典”等危及公共卫生安全的防控工作应由政府直接操作外，而其它公共卫生服务，如预防接种、产前检查、产后访视、儿童体检和建立家庭健康档案等服务，采用向城乡居民发放免费“公共卫生服务券”的方式(即将政府的资金投向医疗卫生需求方，简称“需方”)，让居民凭券在一定范围内的所有(包括公立和私立)相应等级的医疗卫生服务机构中自由选择服务，医疗卫生服务机构定期凭券到政府兑换现金。该作法优点：一是通过打破行政垄断，使医疗卫生服务机构开展公平竞争，以提高工作效率和服务质量；二是更能充分调动医疗卫生服务机构自觉做好预防保健工作的积极性。这种变“养人”为“养事”，变“坐等服务”为“上门服务”的公共卫生服务方式，在浙江、江苏和重庆等不少地方已有成功经验。由此可知：公共卫生服务虽然具有公共品性质，但也未必全由政府直接包办。既然公共卫生服务是这样，那么基本医疗服务更是如此。
2、如果政府能帮助国民实现全民医疗保险，并将政府的医保投资力度向贫困地区和贫困人群倾斜，那么就会大幅度增强贫困地区和贫困人群的对医疗卫生服务的购买能力，医疗卫生资源自然就会向贫困地区和贫困人群中流动。所以即使是采用市场化服务方式，医疗卫生服务的公平性和可及性目标同样可以实现。同样由此可知：影响医疗卫生服务公平性和可及性的并不是医疗机构是否由政府直接举办，而关键是政府的投资方式和力度。
第二，如果医改由政府主导，医护人员收入与医疗卫生服务机构业务收入脱钩，所有医护人员只能领固定干薪，那么就很难调动其积极性来提高医疗卫生服务的数量和质量。没有竞争的压力和动力，所有服务领域的质量和数量都会下降，医疗卫生服务领域也绝不会例外；同时，由于医疗卫生服务机构花的完全是政府的钱，常言道：“花别人的钱不心痛”，这必然会导致医疗卫生服务机构的节约意识不强，浪费严重。由于效率低下，浪费严重，必然导致：一方面医疗卫生资源供不应求，看病住院，尤其是做手术，还得凭权力和关系，甚至还要请客送礼；另一方面使政府财力不堪重负，最终使公平难以为继。由此可得出这样的结论：不讲效率的公平，决不会成为真正意义上的公平，没有效率的公平也只会成为“短命”的公平。高福利的英国政府主导模式，因效率低下，医疗卫生资源供不应求，看大小病都得排队等候，2002年有100多万患者在等候做手术，其中20多万人已经等了半年以上。高福利的中国公费医疗也因效率低下，费用增长过快，政府不堪重负，最终不得不被1998年的患者高自费比例的国家医改新方案所替代。
第三，由于中国医疗保险覆盖面一直不大，导致“第三方购买者”(即政府医保经办机构和商业健康保险公司)的严重缺失。由于没有“第三方购买者”对医疗机构的约束和对患者的帮助，处于明显弱势地位的患者只能是无可奈何地接受医疗机构的过度服务，因而让患者不堪重负。如果实现全民医保，有“第三方购买者”的参与，患者的利益就能得到更好的保护，百姓看病贵也会得到明显改善。
第四，中国到目前为止，绝大多数医疗卫生资源依然被公立医疗机构所垄断，垄断必然带来竞争的不公平、不充分，也会引发其它许多问题。
由于上述理由，持该观点的人主张必须尽快打破公立医疗机构垄断市场局面，因而对类似宿迁医疗机构产权制度改革的探索表示支持。