新疆维吾尔自治区中医医院成立于1959年7月1日。1986年4 月，医院成为新疆中医学院附属医院；1998年9月，医院成为新疆医科大学附属中医医院。2001年11月，医院与新疆维吾尔自治区中医研究所合并。五十多年的积淀，尤其是近十年来的快速发展，医院已成为全国规模较大、中西医人才汇聚、学科设置齐全、技术力量雄厚、中医特色突出、设备配套先进，集医疗、教学、科研、预防保健和康复于一体的三级甲等中医医院。医院同时是国家中医临床研究基地、国家“中医药国际合作基地”、国家药物临床试验机构、卫计委“全国心血管疾病介入诊疗培训单位 ”“关节镜诊疗技术培训基地”、新疆医科大学第四临床医学院、新疆维吾尔自治区中医药研究院和新疆中医名医名方研究开发中心，并设有国家级博士后科研工作站。
医院占地面积4.2万m2,建筑面积12.9万m2，医院编制床位2600张。目前，医院设有39个行政后勤科室、71个临床医技科室、1个分院、1个门诊部、一个分部、1个社区卫生服务中心和1个戒毒所。2013年，医院门急诊总量达157.7万人次，收治住院患者人数达8.8万人次，完成各种手术近2.2万台次，平均住院日11.3天。
医院现有职工3016人，其中在编职工1096人；具有卫生专业技术职称的人员2059人，其中，正高职称人员135人，副高职称人员186人，中级职称人员390人；具有教学职称人员202人，教授16人，副教授62人,讲师124人。医院现有博士38人，硕士394人；享受国务院特殊津贴专家6人。
医院现有4个卫生部临床重点专科（中医心血管病科、中医骨伤科、中医皮肤科、肺病科），7个国家中医药管理局重点学科[中维西医结合临床、中医骨伤科学、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医络病学（培育项目）和中医文化学（培育项目）]，10个国家中医药管理局“十二五”重点专科[心血管科、骨伤科、内分泌科、急诊科、肺病科、针灸科、皮肤科，重症医学科（培育项目）、临床药学（培育项目）、护理学（培育项目）]， 10个自治区级重点学科（中医肛肠病学、中医肺病学、中医内分泌病学、中医皮肤病学、中医脑病学、中医肾病学、推拿学、中医脾胃病学、中医心病学、针灸学）；1个“2013年自治区临床重点专科”（脑病科）。
医院中医药特色享誉全疆，常年开展的中医特色诊疗技术项目达68项，针灸、推拿、小针刀、中医食疗、中药熏洗、浸浴、溻渍、贴敷等中医特色技术项目深受广大患者的欢迎，甚至有上海、江苏等发达地区省市的患者慕名来院就医。许多维吾尔族、哈萨克族等少数民族患者也慕名来医院寻求中医药治疗。同时，医院拥有3.0T磁共振、双源CT、DSA、彩色多普勒超声仪、数字胃肠机等先进的医疗设备，开展了介入治疗、心脏搭桥手术、人工关节置换手术、脊柱科手术及胸腔镜手术、关节镜手术等多学科腔镜手术，部分技术处于疆内领先水平。
近年来，医院坚持以“打基础，建机制，谋长远”的科研发展战略，加强科研工作，科研能力取得了长足进步。医院目前有5个研究所（呼吸病研究所、心血管病研究所、骨与关节疾病研究所、肿瘤学研究所、高血压病研究所）。2009年至2013年年底，医院共获得各级各类科研项目479项，其中国家级41项，省部级项目103项，科研经费从2009年的334万元跃升到2013年的1771万元；共获各级奖项24项，其中自治区科技进步奖6项、新疆医学科技奖16项、乌鲁木齐市科学技术进步奖1项；通过自治区科技成果鉴定7项；获得国家新药临床试验批件2项；申请专利1项；获得国家发明专利和实用新型专利共7项；发表论文2508篇，其中SCI论文14篇，核心期刊论文581篇，获得自治区自然科学优秀学术论文奖8项。
作为新疆医科大学临床医学院，医院设有12个临床教研室，拥有博士研究生导师15名，硕士研究生导师102名，医院中医内科学、中医外科学、中西医结合临床、针灸推拿、中药学、方剂学为硕士学位授予点，有自治区级精品课程1个，校级精品课程2个。
医院始终坚持“以顾客为关注焦点，以员工为中心，以中医药为本，永续创新”的宗旨和“追求诚信卓越，共享仁爱健康”的院训，明确医院的目标定位，突出中医药特色，加快实施服务立院、人才兴院、科研强院和名医、名科、名院的三名战略，初步实现了患者满意、员工爱戴、专家认同、社会推崇的发展目标。
医院先后获得“全国卫生系统先进集体”“全国卫生系统行风建设先进单位”“中医药科技管理工作先进集体”“全国中医护理先进集体”“全国医院（卫生）文化建设先进单位”（4次）“全国卫生系统思想政治工作先进单位”、“全国百家改革创新医院”等称号，连续三次荣获“全国文明单位”称号。2003年，医院在全疆三级甲等医院中率先通过了ISO9001：2000质量管理体系认证。
展望未来，机遇与挑战并存，我们将以党的十八大精神为指引，积极落实公立医院改革任务，牢固树立“始于患者之需求，止于患者之满足”的服务宗旨，坚持以中医药为本，走中西医结合之路，创新管理模式，强化内涵建设，创建国内一流的中医临床研究基地，为新疆的中医药事业谱写新的篇章，为保障全疆各族群众的健康做出更大的贡献。