在有颜色差异的试样的观察条件下，真实色共焦显微镜避免了激光扫描共焦显微镜产生的同相异色，同色异相的现象发生，观察者可以通过颜色，分辨和判断试样的成分和组织。在这种条件下，真实色共焦显微镜的分辨率高于激光扫描共焦显微镜。绝大多数不同的组织和成分都是有颜色差异的。对应于没有颜色差异或颜色差异小的试样，提高图像的分辨能力。在这一方面，激光扫描共焦显微镜是无能为力的。
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