引流不畅：管道多在分歧高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，乃至引流不畅。为什么肛瘘疾病不能自愈？
肛瘘疾病一旦形成就没有自愈可能， 其主要原因有以下几点：肛门部不能静养：脓腔不易粘合，排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。管腔难以闭合：肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。若肛门直肠脓肿在早期能够措置得当，往往可使脓肿消散治愈，不遗留后遗症;如耽延早期的治疗机缘或措置不妥，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加反复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，节制炎症成长。
容易呈现新的瘘管：脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道。肛瘘疾病内口的存在：脓肿固然破溃或已切开引流，但原发传染源如肛窦炎、或肛腺传染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管。
由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，时间久了就会成为病菌入侵、扩散、储蓄堆集繁殖的处所，致使这里的组织容易传染发炎，而形成肛门直肠周围脓肿。