1）首先应该特别要防止传染病病原菌的排放和对环境的污染、对可能排出大量传染病病原菌的传染病医院及受到传染病病菌原菌污染的污水要求进行严格的消毒预处理，达到相应的医院污水处理排放标准后方可进入污水治理站。在可能的情况下，受传染病病菌污染的污水应与其他污水分开处理，以减少消毒剂用量及增强消毒效果。
2）对含有某些有毒有害化学物质的废水废液要尽可能单独收集，分别治理，防止大量有毒有害物质进入综合污水处理系统。
3）对含有放射性物质的废水首先在衰变池进行衰变治理，达到排入综合污水处理系统。