做好对鸡禽流感的预防工作是昆明散养土鸡中的重要工作。禽流感的变异毒株不断产生，增加了防控难度。昆明散养土鸡的禽流感预防是一个重要的工作，很多情况鸡对于疾病的抵抗不是很强，虽然土鸡会好一点，但是土鸡经常是在山地等活动，又会容易染上病源。
在很多情况下，昆明散养土鸡的机体抗体水平很高，但仍然发病或用当地分离毒株检测发现HI抗体很高，而用标准抗原检测抗体滴度却很低，此时应考虑变异株的存在，如抗体水平较低而发病，应检查其免疫程序或疫苗质量是否存在问题；
变异株不断产生时，要实时监控；一般情况下，禽流感的HI抗体在25可不出现死亡现象，要在27以上才能不减蛋（变异毒株HI监测无意义）；
Re-5加Re-4疫苗有较广的免疫谱，但因病毒不断变异，有时效果也不理想；
种鸡到开产前至少要进行4次灭活苗接种。 只有做好各种昆明土鸡散养疫苗工作才能更好的预防疾病。