微生物实验室工程主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态~变异、釉用、危害等方面进行实验和研究，其组成一般包括：准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等。微生物实验根据工作领域（食品、药品、医疗等）和性质（教学、生产、研究、检测等）的不同，实验室组成和规模有很大差别。
一、微生物实验室平面布局
微生物实验室应设置成独立的区域，与其他实验室分开，门口设有门禁，非相关人员不得进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又不互相影响。入口处设置集中式更间，培养室根据培养条件和种类不同可设置多间（如霉菌培养室、细菌培养室、固体培养室、液体培养室等）。
二、微生物实验室设计与装修
1必须为实验室安全运行、清洁和维护提供足够的空间。
2实验室墙壁、天花板和地板应当光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和消毒剂的腐蚀。地板应当防滑。
3实验台面应是防水的，并可耐消毒剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度的作用。
4应保证实验室内所有活动的照明，避免不必要的反光和闪光。
5实验室器具应当坚固耐用，在实验台、柜和其他设备之间及其下面要保证有足够的空间以便进行清洁。
6应当有足够的储存空间来摆放随时使用的物品，在实验室的工作区外还应当提供另外的可长期使用的储存间。
7应当为安全操作以及储存镕剂、压缩气体和液化气提供足够的空间和设施。
8实验室的门应有可视窗，并达到适当的防火等级，最好能自动关闭。
9安全系统应当包括消防、应急供电、应急淋浴以及洗眼设施。
10有可靠和充足的电力供应和应急照明，以保证人员安全离开实验室。
11设备的设计、建造与安装应便于操作、易于维护、清洁、清除污染和进行质量检验。