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增值税专用发票作废通常有两种方式，一是开票当月作废，需在税控机中做相应操作并在全部联次注明“作废”字样或加盖“作废”戳记作废；二是次月通过开具红字专用发票作废。前者比较简单，后者手续相对繁琐需要向所属税务局提出申请，通过审批之后才能开具红字发票。增值税一般纳税人在开具专用发票当月，若发生销货退回、开票有误等情形收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，可作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。对开出的专用发票作废需同时具备以下三个条件：一是收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票的当月；二是销售方未抄税并且未记账；三是购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”或“专用发票代码、号码认证不符”。特别注意的是，专用发票作废需要在纸质和电子双重环境下操作，不能漏掉任何一方。
而对于次月通过开具红字专用发票作废就要难操作很多了，需持准备开红字发票的对应发票全部联次，税控机中填写打印的《负数发票申请书》，以及供销双方的情况说明前往税务局备案后开具。企业应在日常经营中尽量避免次月作废的情况，以免给自己造成不必要的麻烦。