由于医院污水与城市污水水质类似，比单纯的生活污水水质浓度要低，可生化性强，同时要考虑到去除氨氮，拟采用国家环保总局推荐的生物接触氧化法进行处理，该法可以有效的去除有机污染，已在实际中长期使用，工艺比较成熟。 生物接触氧化法是活性污泥法与生物滤池结合的生物膜法，曝气滤池中填充填料，采用水下曝气机曝气，经曝气的污水流经填料层使填料表面长满生物膜，微生物部分固着、部分悬浮，污水和生物膜接触，在生物膜的生化作用下，污水得到净化，生物接触氧化法兼有活性污泥法和生物膜法的优点。
我单位生产的一体化医院污水处理设备的处理工艺为：
一级强化处理
对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。医院污水的一级强化处理一般采用混凝沉淀、过滤、气浮等工艺。过滤的固液分离方式需要反冲，操作管理较为复杂，而气浮工艺中气体释放易导致二次污染。所以医院污水中一般采用混凝沉淀工艺。医院污水经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升水泵。污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。加强处理效果的一级强化处理适用于处理出水最终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。