只有正确的使用和操作好冷藏车，才能够保证货物的完好运送和保存。因为冷藏车是专门用于对温度敏感的产品所使用的，因而温度的保证是冷藏车的关键。如果使用或操作不当，都会导致货物不能在完好的状态下保存或运送。
在我们正常的使用过程中，对车辆及制冷机的保养与维护是分不开的。只有按时对设备进行正确的维护和保养，才能保证设备的正常使用和延长设备的使用寿命。通常底盘发动机是按照行驶里程进行维护和保养的，而冷冻机组是按照发动机工作小时制定维护和保养的。通常的制冷机组是500~700小时进行一次维护和保养，需要更换机油滤芯、燃油滤芯、空气滤芯；并注意检查皮带的松紧度、制冷系统有无泄漏等；一些品牌的冷冻机组（如美国冷王）为了适应环保的需求，尽量减少对环境的破坏，减少有害物质的排放，因而采用合成机油或半合成机油来替代普通机油，从而延长了发动机的保养时间，通常按照2000小时做一次保养。因此减少了废旧机油的排放。另外，经过科学实验证明，通过使用这种高端机油，不仅减少对发动机的磨损，还可以减少发动机的燃油消耗。
冷藏车作为特种车辆，在行车前有一些必须注意的事项，以防在行车途中产生一些不必要的麻烦，每次装载货物行驶之前建议进行以下检查：
1.冷藏车燃油柴油或汽油供应必须足以保证发动机至少运行到下一个检查点。
2.冷藏车发动机油发动机油位供应在（满）标记处，不要加油过量（每年更换一次）。
3.冷藏车冷却液检查冷却液液面计，看冷却液量是否正确，指针应在白色范围内。如果冷却液液位在红色范围内，需往冷却液箱加冷却液。通常冷却液为乙二醇与水的混合物（根据产品使用地的实际情况采用不同比例），并应提供保护到-34℃时不冻结。注意：当冷却液热时，不要打开冷却液箱的盖子。
4.冷藏车电池接线端子必须牢固，没有腐蚀。电解液应在满的标记处。
5.带皮带必须善良好并调整到适当的胀紧度。在皮带轮之间跨距中央13mm下垂度。
6.电气检查电气控制线路中所有电气接头，确保它们固定牢靠。电线和接线端子应无腐蚀、烧损开裂或水份。
7.结构目视检查机组有无泄漏、零件松动或断裂和其它损坏。
8.垫片机组的安装垫片应牢牢压紧，状态良好。
9.冷藏车盘管冷凝器和蒸发器盘管应清洁无脏物。
10.除霜排水装置检查除霜排水软管和接头，确保它们畅通。
11.货厢装货时货物不能遮挡蒸发器出风和回风口，保持货厢内冷气循环畅通，以确保厢内不会有热点
因此，科学的维护和保养，不仅可以保证设备的完好，还可以降低营运成本。
设定温度
将温控器设定在所需温度上，预冷车箱1.5小时以排走滞留在车箱内的热量；装货时将冷冻机组关闭，迅速装货。
在装货时，必须先要对车厢进行预冷或预热。因为车辆停放在露天，通常车厢温度就是外界环境温度。若所运送的货物温度不是环境温度，货物装进车厢，环境温度会影响运送货物的温度，从而导致运送货物的品质发生变化。因此装货前必须预冷车厢到所需要的温度。但是，在装货时（卸货一样）必须要关闭制冷机组。许多人在装卸货物时都是不关闭制冷机组，其实这是一种非常错误的操作。
原因是：当我们把车厢预冷后，如果不关机，打开车厢门时，由于冷冻机组蒸发器的风扇是在工作，风扇的正面是正压，而其背面是负压，因此冷气从车厢上部吹出，而下部会将外面的热空气快速吸进来，从而导致车厢内的温度快速上升；如果关机后再装卸货物，由于风机处于停止状态，空气流动停止，车厢内外风压一致，因而使得外部热空气传递进入车厢内的速度相对减缓。
货物必须预冷到所需的温度，装货时检查货物温度；冷冻机组是用来保持货物的温度，而非用以降低货物温度的。
许多冷藏车的使用者都有一个错误的概念，总认为冷藏车上的冷冻机组是可以随意将装入车厢内的货物冷冻或加热至其所需要的温度。因此把不足所运输温度要求的货物装入车厢，再将制冷机组设定到其所需要的运输温度，通过一定时间将货物温度降至或升至其所需要的温度。然而事实却相反，货物不但温度降不下来（或升不上去），反而使货物损坏或变质。因为冷藏车的制冷机组不是降低货物温度的，而是维持货物温度的，他就象我们过去卖冷饮时用的棉被，将货物包起来。当外界的冷（热）源通过辐射、传导、对流到厢体内，被制冷机组吹出的冷气带走，隔绝热源进入货物。
因此在装货时，必须先测量所装货物的温度。如果制冷机组的设定点温度高于或低于货物温度，车厢内的货物温度都很难达到运输所需要的温度。货物的储存温度与运输温度必须一致，如果货物温度经常变化，水分就会流失，就会导致货物发生品质变化，从而导致货物的货架期缩短。
即使机组容量超过实际所需，空气流通不足也会是导致物品变质的主要原因；货物周围任何阻塞都可能导致——“热点”。
一部合格的冷藏车，必须保证车厢六面有较好的通风，货物六面没有任何阻塞；良好的空气流通，可以保证货物在合适的温度要求下运输。冷冻机组吹出的冷（热）气体将外界进入车厢的冷（热）源与货物隔绝开来，从而保护了货物。如果某一位置发生阻塞，该部分的冷（热）源就会直接进入物品，导致货物温度发生变化。确保回气遮板状况良好；不要阻塞蒸发器的入口（回风）；回风不足会产生冷风不规则循环及造成顶部货物结冰。
注意事项
货物必须堆放在双面托板上；保鲜货托板上不能包朔料膜，膜会阻挡循环冷气流通至货物；不可阻塞货物下的地板。
一般的冷藏车地板都是采用带通风的铝导轨地板；但是也有一些冷藏车是不带铝导轨的，是采用平的防滑地板。通常做为第三方运输企业或用于奶制品的企业运输车是采用平的防滑地板，目的是适合于多种产品的运输，或便于清洗地面。但是装货时必须注意，一定要用双面托板来装货，以保证地面冷空气的流通。严禁将货物直接堆放在平面的地板上。不要在蒸发器出口前堆放货物，否则会阻碍冷气流；货物上方的阻塞会导致冷气流短路。在货物顶部和车顶之间保持最小225毫米的距离。
装货时，不要将货物堆的太高，一定要保证装货高度不高于出风口的平面高度。如果出风口前面被货物挡住或离货物太近，不但会影响货物的储运温度，还会影响冷冻机组的正常工作。
另一方面，由于冷冻机组的除霜设计有些是采用空气感应除霜。当货物与出风口太近，机组蒸发器内的盘管会快速结霜（或冰），空气感应开关随即动作，机组会迅速进入除霜状态；当盘管温度回升至9度（设计温度）左右，除霜立即结束。于是机组就会出现循环往复的上述操作，从而导致厢体内温度降不下来的现象。给大家的直观感觉就是机组总是频繁除霜。其实是由于货物装的太高（多）所致。
车厢内部必须保持洁净；地面不应留有包装纸和纸屑；碎屑会阻碍空气流动或被蒸发器吸入。
使用冷藏车时，应该保持车厢内部的洁净。由于蒸发器风扇的作用，空气会在车厢内循环，导致地面的碎削或脏东西被蒸发器风机吸入。长时间的作用，会使大量的杂质吸入到蒸发器盘管内，从而影响制冷机组的制冷效果。因为盘管会被杂质一点点的包围起来，导致盘管的热交换率下降。所以冷藏车使用几年后大家会感觉制冷效果不如开始，除本身故障原因外，就是因为盘管太脏所致。因此保证车厢里地面的洁净是保证制冷机组正常工作的关键。
车门打开时应关闭冷冻机；尽可能缩短车门打开的时间；装卸货物时尽可能使用条形门帘。用隔板来分开干货（空栏筐）和易腐物品。
为了保证车厢内的货物温度，对于市内配送车辆，建议使用条形门帘，以保证快速卸货时（在不关闭冷冻机组时），车厢内的冷气不会快速散失出去。
不同温度的货物严禁存放在同一车厢空间内。应该用隔板分开摆放。由于冷冻机是用来维持货物温度，而不是降温用的，因此混装不同温度的货物，会影响物品的温度，导致货品质量受到影响。