化学肥料与有机肥料配合施用是一项科学施肥的决策。这是由有机肥料和化学肥料的性质与特点所决定的。现就有机肥料和化学肥料的特点，对比分析如下：
(1)优质有机肥料大都含有大量的有机物质，常年施用优质有机肥料，不仅能增加土壤有机质的含量，并能使土壤有机质得到不断地更新，从而使土壤的理化性质有所改善，因而有明显的改土作用：而化学肥料不含有机质，一般没有直接的改土作用。这说明有机肥料是建设高产稳产农田的基础物质。
(2)有机肥料种类繁多，所含养分全面，人们常称它为完全肥料，但是有机肥料的养分含量很低，大约1000公斤优质厩肥中只含有5公斤氮素(N)；而化学肥料养分含量高，例如，100公斤尿素中就含有46公斤的氮素，按1000公斤计算，含氮素460公斤，是厩肥的92倍。不过，化学肥料的缺点是它所含养分的种类比较单一。就拿尿素来说，它只含氮磷钾三要素中的氮素，不含磷和钾，而过磷酸钙中只含磷，不含氮和钾，单独施用不能满足作物的需求。
(3)有机肥料中的养分大多是有机态的，需要经过土壤微生物不断的分解，才能转变为作物可以吸收利用的养分，因而有机肥料的肥效缓慢，但持续时间长，并有后效；而大多数化学肥料中所含养分是水溶性的，作物可以直接吸收利用。所以，化学肥料的肥效迅速，见效快，能在作物最需要养分的时候提供较多的养分，但它的肥效短不能持久。由此可见，合理施用化肥是提高作物单产的物质保证。
(4)有机肥料需要经过分解和转化，才能释放出养分供作物吸收，因此，有机肥料当季利用率不高。例如腐熟的有机肥料的氮素利用率只有20％～30％，但它分解时养分损失少，供肥时间长；而化学肥料中的养分含量高，大部分是速效养分，易通过挥发、淋失(尤其是氮肥)等途径而损失，从而导致当季肥料利用率不高。例如，氮肥利用率一般在35％左右，磷肥约10％～25％，钾肥在40％以上。
通过两者的比较，不难看出，有机肥料和化学肥料各有优缺点，而且有机肥料的某些优点，正是化学肥料的缺点，而化学肥料的某些优点正是有机肥料的缺点。因此，两者配合施用就可以相互取长补短，充分发挥各自的特点。这就是二者配合施用的必要性和科学道理。