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首先，第一种日本驻华使馆向国内文部省推荐，具体是由日本文部省通过外务省委托日本驻华大使馆招收日本政府文部省奖学金生。详细情况不了解的同学可以通过西安出国留学服务机构来获取相关信息。日本驻华大使馆会在中国国家教育委员会的协助下进行第一次选拔。主要流程有书面审查、笔试、面试。之后，大使馆再根据第一次选拔结果向文部省推荐。接下来，文部省会向奖学金留学生选考委员会咨询，与各接受大学协商决定最后人选。
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第二种由日本国内大学向文部省推荐，这个程序分两种。一是从国外录取奖学金留学生。即日本国内有关大学根据与国外大学间友好交流的协定对国外留学生进行审查，并向文部省推荐已被许可入学，具有研究水平、且成绩优秀，被认可授予奖学金的人，文部省经过与选考委员会协商，最后决定奖学金留学生。有关东京大学留学条件可以咨询公司官网。二是从在日自费留学生中录取奖学金生。这些学生必须具备在日本大学攻读硕士或博士课程且成绩优异的条件。他们首先要在校内选考，然后向文部省推荐候选者，最后文部省与选考委员会协商作出最后决定。