污染水体：有关部门调查表明，畜禽粪便目前已成为农业面源污染的主要源。畜禽养殖场未经处理的、而且浓度很高的畜禽粪便和养殖废水直排入江河、湖泊、鱼塘或地下，导致水体严重富营养化，致使水生生物逐渐死亡，严重者水体发黑变臭，致使鱼塘及河流丧失使用功能。
污染空气：畜禽粪肥堆放场地有大量NH3、硫化物和甲烷等有毒有害气体污染，特别是距居民生活区较近的养殖场臭气污染周围环境。研究表明，本市空气中的PM2.5颗粒物中，氨的成分越来越高。其中，畜禽粪便直接排放就是主要原因之一。
传播病菌。畜禽粪便含有大量病原微生物、寄生虫卵及孳生蚊蝇，使环境中病原种类增多，病原菌和寄生虫大量繁殖，造成人、畜传染病的蔓延，尤其是人畜共患病时导致疫情发生，给人畜带来灾难性危害。
危害农田生态环境。农田长期灌溉高浓度畜禽养殖污水使作物徒长、倒伏、晚熟或不熟，造成减产甚至毒害作物出现大面积腐烂。另外，高浓度污水可导致土壤孔隙堵塞，造成土壤透气、透水性下降及板结，严重影响土壤质量。
对农产品安全产生潜在威胁。添加抗生素、激素等添加剂是饲料生产过程中必不可少的，其中多数添加剂随粪便排出。研究证实，大型养殖场产生的粪便中存在多环芳烃、有机氯类等持久性有机污染物，以及抗生素等物质，尽管没有研究证明这些物质会对食品安全是否产生影响，但长期使用此类有机肥料仍有可能对土壤造成污染。